脫鹽率是通過反滲透膜從設備進水中去除可溶性雜質濃度的百分比。脫鹽率＝(1－產水含鹽量/進水含鹽量)×100%。反滲透膜元件的脫鹽率在其制造成形時就已確定，脫鹽率的高與低取決于反滲透膜元件表面超薄脫鹽層的致密度，脫鹽層越致密那么它的脫鹽率就越高，同時產水量越低。反滲透對不同物質的脫除率主要由物質的結構和分子量所決定，進口反滲透膜元件對高價離及其復雜單價離子的脫除率可以超過99%，對單價離子如：鈉離子、鉀離子、氯離子的脫除率稍低，但也超過了98%；對分子量大于100的有機物脫除率也可達到98%。
影響反滲透脫鹽率的因素有：
◆離子價數：脫鹽率是隨著離子價數的增加而提高的，二價、三價鹽的脫鹽率也要高于單價鹽；
◆分子大小：脫鹽率隨分子直徑的增加而提高；
◆原水溫度：原水溫度升高時，由于水的粘度降低脫鹽率提高；
◆原水濃度：原水濃度提高時，脫鹽率下降；
◆工作壓力：工作壓力提高時，脫鹽率有所提高但不明顯；
◆PH值：酸性條件下雖然膜不容易堵塞，但脫鹽率要有所下降；
◆溶解氣體：可溶解性氣體在游離狀態下容易滲透而不脫除CO2、SO2、O2、Cl2、H2S等；
◆氫鍵趨勢：對于含有強氫鍵的化合物，脫除率很低，如水、酚和氨等；（也正因此才實現脫除水中雜質和溶解物而達到
◆與其他物質分離的目的；
◆有機物質：水中的有機物對膜有污染作用，有機物越多膜的性能越易變壞；
◆水的硬度：水的硬度越高膜越容易堵塞，對于高硬度水應先軟化處理，降低硬度再進反滲透；
◆固體顆粒：固體顆粒對反滲透膜的危害極大，必須進行預處理；
◆微生物：水中的微生物、細菌對膜有危害，必須進行預處理（本公司采用超率膜進行處理，在國內處于先進水平）；
◆氧化物：金屬氧化物進入反滲透不能進行自行清除，應定期化學藥物清除。
